Um als Referenzzentrum ausgezeichnet zu werden, muss eine Klinik bestimmte Anforderungen erfüllen, u. a. an die fachliche Kompetenz der Ärzte und Pflegekräfte, an die Häufigkeit und Verfahrensweise der Eingriffe sowie an die apparative Ausstattung. Die Behand­lungs­er­geb­nisse müssen kontinuierlich analysiert und wissenschaftlich ausgewertet werden. Zudem zeichnen sich Referenzzentren durch besonders niedrige Kompli­ka­tions­raten aus. Am Bürger­hospital Frankfurt liegt diese deutlich unter der Hälfte des geforderten Wertes. 
Die Klinik für Endokrine Chirurgie wurde erstmals 2012 zertifiziert und seitdem viermal als Referenzzentrum bestätigt. Behand­lungs­schwer­punkte sind neben gutartigen Schilddrüsenknoten und bösartigen Tumoren der sogenannte Morbus Basedow – eine Auto­im­mun­er­kran­kung der Schilddrüse – sowie Erkrankungen der Neben­schild­drüsen. Deutschlandweit sind lediglich zehn Kliniken von der DGAV als Referenzzentren zertifiziert. Die Klinik für Endokrine Chirurgie ist hessenweit die einzige Einrichtung dieser Art. Das Zertifikat ist gültig bis 2024.  

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